Gephi是一款开源、免费的用于网络分析和可视化的软件,支持多种网络分析方法和可视化技术,包括网络布局、节点聚类、网络比较等。可结合python网络分析package NetworkX的graph对象存成gexf格式文件导入进Gephi来构图。在生物科学领域,常用于基因共表达网络、蛋白互作网络、微生物相互关系网络等等类似的网络图形绘制。